Socialstyrelsen har en samordnande roll när det gäller samhällets beredskap inför utbrott av smittsamma sjukdomar. Det operativa ansvaret ligger däremot hos smittskyddsläkaren i varje landsting.
Socialstyrelsen är bland annat djupt involverad i beredskapsplaneringen inför en influensapandemi. Arbetet har resulterat i ett flertal dokument som beskriver de åtgärder som ska ligga till grund för ett effektivt bekämpande av en pandemi, såväl på nationell som på regional nivå.
I en krissituation har Socialstyrelsen även ett samordningsanvar för kommunikationen till bl.a. allmänhet och medier och har tagit initiativ till en plan för samordnad kriskommunikation.
Samhället måste också ha en beredskap mot att någon med avsikt försöker sprida en smittsam sjukdom. Bioterrorism fick en förnyad aktualitet efter mjältbrandsbreven i USA år 2001. Socialstyrelsen deltar både på nationell och internationell nivå i beredskapen mot avsiktlig spridning av smitta.