Socialstyrelsen tar fram riktlinjer för hälso- och sjukvården, socialtjänsten, hälsoskyddet och smittskyddet som bygger på vetenskap och beprövad erfarenhet. Riktlinjerna bör följas, men är inte juridiskt bindande.
Socialstyrelsens riktlinjer kan delas i tre kategorier. Nationella riktlinjer ger beslutsfattare och yrkesverksamma rekommendationer om prioriteringar inom ett visst område, till exempel vården av en svår kronisk folksjukdom. Försäkringsmedicinskt beslutsstöd ger läkare rekommendationer om sjukskrivning. Socialstyrelsen tar även fram olika typer av nationella medicinska indikationer.