Sedan 1973 finns det ett rikstäckande medicinskt födelseregister (MFR) över samtliga graviditeter som lett till förlossning. Registret omfattar uppgifter om själva graviditeterna, förlossningarna och om de nyfödda barnen.
Det Medicinska födelseregistret startade 1973. Grunden för registret är införandet av ett standardiserat journalsystem inom mödrahälsovård, förlossningsvård och nyföddhetsvård. Under registrets första tio år användes dock en variant av journalsystemet i Malmöhus län samt Malmö kommun.
Fram till 1982 skedde rapporteringen till registret i större delen av landet med s.k. Medicinskt födelsemeddelande, som sammanfattade relevanta data och som användes för informationsutbyte mellan förlossningskliniken, mödrahälsovården och barnavårdscentraler. En kopia av denna sammanfattning sändes till Socialstyrelsen och utgjorde basen för det Medicinska födelseregistret.
Efter en utvärdering av registrets innehåll genomfördes en omläggning under 1982. Dels modifierades registerinnehållet, dels ändrades sättet att samla in data. I stället för det Medicinska Födelsemeddelandet insändes kopior av de tre viktigaste journalhandlingarna, vilkas underlag utgör basen för registeruppbyggnaden. För varje födsel skulle ingå tre journalblad motsvarande mödrahälsovården (MHV1), förlossningsvården (FV1) och den pediatriska undersökningen av det nyfödda barnet (FV2). Samtidig utvidgades innehållet i registret och man gjorde vissa förändringar, som främst gällde sjukdom under graviditeten. Med början 1994/1995 lagrades också viss information från det andra bladet i mödrahälsovårdsjournalen (MHV2).
Innehållet omarbetades 1990, 1994 samt 1998. Under 2009 har en ny översyn av journalinnehållet påbörjats.