Varje år jämförs det antal barn som rapporterats till registret med folkbokföringsuppgifter. Av de nyfödda barn som är skrivna i Sverige rapporteras 97–99 procent till det medicinska födelseregistret.
Det är så gott som omöjligt att undvika felaktigheter i ett stort register av Medicinska födelseregistrets typ. Avsaknaden av en uppgift får dock betydelse först när man försöker bestämma hur vanligt ett fenomen är. Så länge bortfallet är slumpartat kommer det att ha liten betydelse för bedömningen av riskfaktorer. Du som använder registret för undersökningar eller vetenskapliga studier måste känna till och förstå de problem som finns i registret, till exempel om det förekommer regelbundna avvikelser i inrapporteringen.
Registeruppgifter är inte lämpliga för individuella bedömningar av enskilda personer utan är avsedda för jämförelser mellan grupper.
Ett bortfall uppstår när sjukhusen inte rapporterar en förlossning till registret. Varje år jämförs det antal barn som rapporterats till registret med folkbokföringsuppgifter. Av de nyfödda barn som är skrivna i Sverige rapporteras 97–99 procent till det medicinska födelseregistret. Bortfallet är något högre vad gäller barn som dör under nyföddhetsperioden.
De senaste åren har Stockholms läns landsting haft problem med att rapportera in uppgifter från mödrahälsovården. De uppgifter som registreras på mödrahälsovården är bland annat läkemedel under graviditet, moderns vikt, längd och tobaksvanor.