Socialstyrelsen har fyra avdelningar med verksamhets-ansvar: avdelningen för statistik och utvärdering, avdelningen för kunskapsstyrning, avdelningen för regler och tillstånd samt tillsynsavdelningen.
Avdelningen för statistik och utvärdering följer upp, analyserar och utvärderar utvecklingen i vård och omsorg. En annan uppgift är att utveckla och förvalta nationella indikatorer för god hälsa, vård och omsorg, samt att redovisa analyser av verksamheternas processer, resultat och kostnader. På avdelningen finns också ansvaret för myndighetens hälsodataregister och övriga statistikdatabaser.
Avdelningen för kunskapsstyrning tar fram kunskap för att styra verksamheter inom vården och omsorgen, men också inom hälsoskydd och smittskydd. Det görs med hjälp av riktlinjer, vägledningar och andra rekommendationer för hur man ska arbeta, liksom med stöd för användning och tillämpning av dessa hjälpmedel. Kunskaperna ska vara ett stöd för de verksamhetsansvariga och personalen i deras arbete med att höja kvaliteten och öka säkerheten och effektiviteten i vård och omsorg.
Avdelningen för regler och tillstånd svarar för myndighetens regelstyrning genom att utarbeta föreskrifter (SOSFS, bindande regler), allmänna råd (starka rekommendationer) och handböcker. Avdelningen svarar för all myndighetsutövning, liksom för legitimationer och andra behörighetsärenden. Avdelningen hanterar även statsbidrag och all tillståndsgivning.
Tillsynsavdelningen har som viktigaste uppgift är att granska att vård och omsorg drivs enligt lagar och regler, och att påtala brister i säkerheten för patienter, brukare och klienter. Granskningen omfattar dels huvudmännens verksamheter, dels hälso- och sjukvårdspersonalens yrkesutövning. På avdelningen finns också enheten för enskildas klagomål.