Mikrobiologiska föroreningar kan ge akuta hälsoeffekter, främst mag- och tarmsjukdomar. I sällsynta fall kan sjukdomsframkallande mikroorganismer orsaka allvarliga kroniska skador hos vissa individer. Kemiska ämnen i dricksvatten kan innebära hälsoeffekter på längre sikt, till exempel att olika cancerformer kan utvecklas. I enstaka fall kan även akuta effekter förekomma.