Det är oftast grundvatten som används i enskilda vattentäkter. Grundvattenkvaliteten varierar över landet och beror bland annat på hur jorden och berggrunden ser ut och på olika föroreningar.
Problem med vattenkvaliteten kan uppstå naturligt genom att olika ämnen urlakas från berggrunden eller jordlagren till grundvattnet. Speciellt bergborrade brunnar kan naturligt innehålla höga halter av t.ex. uran, arsenik, radon och fluorid.
De material som används i brunnar och vattenledningar kan också ge upphov till höga halter av t.ex. koppar och bly. Eftersom en grävd brunn anläggs i relativt ytliga grundvattenmagasin är den utsatt för mer yttre påverkan än en bergborrad brunn, till exempel från avlopp och jordbruk. Därför har dricksvattnet från grävda brunnar ofta sämre mikrobiologisk kvalitet än det från bergborrade brunnar.
Höga halter av natrium och klorid kan tyda på ett överuttag av grundvatten i områden som har legat under hav efter den senaste istiden. Höga halter av natrium och klorid kan också bero på föroreningar från vägsaltning.Enligt den så kallade Klimat- och sårbarhetsutredningen kommer Sverige att påverkas kraftigt av klimatförändringarna med högre temperatur, mer nederbörd och fler extrema vädersituationer. Det kommer bland annat att ge problem för den framtida vattenförsörjningen, eftersom riskerna för smittspridning och förorening av dricksvattentäkter blir större.